杀菌剂的作用方式有两种：一是保护性杀菌剂，二是内吸性杀菌剂。保护性杀菌剂在植物体外或体表直接与病原菌接触，杀死或抑制病原菌，使之无法进入植物，从而保护植物免受病原菌的危害。
　　
　　此类杀菌剂称为保护性杀菌剂，其作用有两个方面：一是药剂喷洒后与病原菌接触直接杀死病原菌，即“接触性杀菌作用”；另一种是把药剂喷洒在植物体表面上，当病原菌落在植物体上接触到药剂而被毒杀，称为“残效性杀菌作用”。
　　
　　不同的杀菌剂的作用方式也不同。在病菌侵染前施于植物表面起预防保护作用的，称为保护性杀菌剂即保护剂；在施药部位能消灭已侵染病菌的，称为铲除性杀菌剂；能被植物吸收并在体内传导至病菌侵染的部位而消灭病菌的，称为内吸性杀菌剂，许多铲除剂也是内吸剂，两者大多有化学治疗作用。
　　
　　因此，实用上常简单地将杀菌剂分成保护性和内吸性两种作用方式。它们的作用机理，也可大致分为两类：
　　
　　1、干扰病菌的呼吸过程，抑制能量的产生。
　　
　　2、干扰菌体生命物质如蛋白质、核酸、甾醇等的生物合成。保护性杀菌剂大多为杀菌谱广而杀菌力较低的产品。内吸性杀菌剂一般杀菌力较强，杀菌谱则较窄，其中有些品种对某种病原菌有专一的选择毒性。由于内吸剂在菌体内的作用点比较单一，病菌容易由遗传基因的突变而产生抗药性。
　　
　　为了避免或延缓抗药性的产生，通常可选择适当的保护剂和内吸剂混合施用或轮换使用，这样可取长补短得到较好的防治效果。在使用时应根据病害发生的特点，采取种子处理、叶面喷布和土壤处理等各种施药方法。